Регион располагается южнее столицы Франции; он окружён Пиренеями, Центральным массивом и Бискайским заливом Атлантического океана. На севере региона реки Дордонь и Гаронна, питающие виноградники Бордо, протекают по территории департаментов Дордонь, Жиронда и Ло и Гаронна. На западе региона находится природная область под названием Гасконские Ланды, охватывающая территории департаментов Жиронда, Ланды, а также Ло и Гаронна. На юге, в предгорьях Пиренеев, департамент Атлантические Пиренеи объединил исторические области басков и Беарн.
Аквитания граничила с регионами Юг — Пиренеи, Лимузен, Пуату — Шаранта, соответственно на востоке, на северо-востоке и на севере. На западе регион обладает 300-километровым атлантическим побережьем, за которым закрепилось название «Серебряный берег», которое прерывается бассейном Аркашона и бухтой Сен-Жан-де-Люз. На юге региона по Пиренеям и нижнему течению реки Бидасоа проходит государственная граница с Испанией (Арагон, Наварра и испанская Страна Басков).