Бывший регион Рона — Альпы расположен на востоке Франции. На севере граничил с регионами Бургундия и Франш-Конте, на западе — с Овернью, на юге — с регионами Лангедок — Руссильон и Прованс — Альпы — Лазурный Берег. Восток бывшего региона расположен на западном склоне Альп, у границы со Швейцарией и Италией. Самая высокая точка — пик Монблан, на франко-итальянской границе. В центральной части бывшего региона находятся долины рек Рона и Сона. В месте их слияния расположен город Лион. В западной и юго-западной частях территории бывшего региона начинается Центральный массив и протекает река Ардеш, по течению которой образовались самые большие ущелья в Европе.